محمد بابر پادشاه متهم گشت و به حكم امير سلطان در روز سه‌شنبه ششم ماه رجب در قلعه اختيار الدين محبوس شده روز ديگر مهم او از هم گذشت و پادشاه عدالت نهاد در تفتيش و تفحص اين مهام شرايط مبالغه و اهتمام بجاى آورده بتحقيق انجاميد كه در وقتى كه عبيد اللّه خان در ظاهر هراة نشسته بود و بامر محاصره قيام مينمود از امير سلطان اصلا جلادتى وقوع نيافته بنابران اوزبكان در بلوكات هراة خرابى بسيار كرده‌اند و امير غياث الدين محمد بن امير يوسف از جريمهء كه به او نسبت نموده‌اند مانند گرگ يوسف بيگناه بوده و امير سلطان بنابر غرضى كه داشته بتيغ ظلم آن سيد فاضل نيكو اعتقاد را شربت شهادت چشانيده لا جرم نايرهء غضب پادشاهى اشتعال يافت و حكم شد كه شاه‌زاده مظفرلوا ابو الفتح طهماسب ميرزا و امير سلطان متوجه پايهء سرير اعلى گردند و ايالت خراسان مفوض بنواب نامدار شاه‌زادهء عالىمكان سام ميرزا باشد چنانچه عنقريب تفصيل اين حكايت مرقوم قلم اهتمام خواهد گشت انشاء اللّه تعالى و تقدس ذكر تتمه احوال حكام مازندران و رسيدن والى شروان بآستان پادشاه كامران چون جناب سلطانى سيف الانامى از وجه تقبل امير عبد الكريم مبلغ هزار و پانصد تومان بحصول رسانيد حكم همايون صدور يافت كه آن جناب بدار السلطنه هرات رفته در ملازمت شاه‌زاده عاليمقام ابو النصر سام ميرزا بسر برد و تحصيل تتمهء آن وجه ؟ ؟ ؟ ده جوك پيك باشد اما اوركماس بيك كه متعهد سه هزار تومان بقتل آقا محمد بود پيش از آنكه از آنوجه چيزى معتد به وصول دهد آقا محمد از پايهء سرير اعلى فرار نموده به مازندران شتافت و ميان او و امير عبد الكريم نايرهء نزاع التهاب امير عبد الكريم يافته بقوة دولت قاهره غالب گشت و آقا محمد قلعه كليس و اولاد را استحكام داده در بعضى از جنگلهاى آنحدود متحصن شد چون اين اخبار بمسامع نواب درگاه فلك‌اقتدار رسيد حكم همايون بنفاذ انجاميد كه جوجى سلطان با بعضى از سپاه عراق و كردستان بمازندران رود و آقا محمد را گرفته بپايهء سرير اعلى رساند و جوجى سلطان حسب فرموده لشگر به آن ولايت كشيده نخست به ظاهر قلعهء اولاد شتافت و در عرض يك هفته آنحصار استوار را بجنك گرفته توابع آقا محمد را كه در آنجا توطن داشتند مقيد و مغلول ساخت آنگاه بجنگلى كه مقر آقا محمد بود رفته او را نيز در دام اسر انداخت و رايت مراجعت بصوب سده سنيهء سلطنت برافراخت بعد از وصول به مقصد نيكوخدمتى او عز قبول يافت و پرتو انوار عنايت پادشاه عاليجاه بر ناصيهء حال آن امير شجاعت دستگاه تافت و ايضا عفو خسرو عطابخش جرم‌پوش شامل حال روزگار آقا محمد شده حكم همايون باطلاق او